ガイア教団を率いる氷川が企てた『東京受胎』によって世界は滅び、東京は『ボルテクス界』と呼ばれる、悪魔と総称されるあらゆる神々・妖精・魔物が溢れかえる世界へ変貌した。■内容理解しやすいパーセンテージロールを採用。また、戦闘をメインとした分かりやすいゲームとなっており、初心者でも、『真・女神転生3‐NOCTURNE』を遊んだことがあれば、すぐに遊ぶことができる。『真・女神転生3‐NOCTURNE』に登場する悪魔、スキル、アイテムなど、大量のデータを収録。PS2版のストーリーを再現することが可能となっている。もちろん、自分だけのオリジナル・ストーリーを作ることもできる。『真・女神転生3‐NOCTURNE』で主人公だった魔人以外にも、わずかに生き残っていた人間、そして、悪魔をキャラクターとして遊ぶこともできる。もちろん、悪魔合体によるパワーアップも可能だ。